Il punto più suggestivo dell’intero complesso del Santuario di Fonte Colombo è il Sacro Speco.
Una scalinata piuttosto scomoda, dopo la Cappella della Maddalena, conduce al Sacro Speco: la tradizione sostiene che qui Francesco ricevette la Regola. Più che un edificio, questo è una fenditura nella roccia, stretta e lunga, oggi inglobata nell’Oratorio di San Michele, santo a cui Francesco era estremamente devoto, e per la cui ricorrenza compiva un digiuno di quaranta giorni. Ancora oltre, la grotta di Frate Leone conserva il ricordo di un’altra leggenda legata alla Regola: pare che, quando il Signore apparve a Francesco per consegnargliela, Leone alzò la testa per vedere e ne lasciò sulla roccia l’impronta.

Per tornare indietro verso il piazzale, si incontra il ceppo del leccio dell’epoca di San Francesco, abbattuto da un’abbondante nevicata del 1600. Non è importante solo per il fatto che è stato visto da Francesco, ma perché presso di lui egli ebbe una visione, in cui il Signore lo rassicurò sulla Regola, sul fatto che i frati l’avrebbero accolta, nonostante le titubanze iniziali. L’albero rivive nella scultura, fatta del legno di quel leccio, di Giovanni da Pisa, presente nella Chiesa grande. Si può ancora vedere la Fonte delle Colombe, e, inoltre, tre piccole cappelle del XVIII secolo, dedicate, rispettivamente, all’Ascensione di Cristo, a Sant’Antonio da Padova e alla Regoletta.